Universitas Atma Jaya Yogyakarta didirikan 27 September 1965 oleh kaum awam Katolik dan di kelola oleh Yayasan Slamet Rijadi Yogyakarta. Lima orang pendiri Universitas Atma Jaya Yogyakarta adalah:

• Prof. R.A. Soehardi,S.H.
• Drs. A.J. Liem Sioe Siet
• A., Sutijoso, S.H.
• Prof. Drs. Oey Liang Lee
• Dr. Leo Sukoto, S.J.

Awalnya sebagai cabang Universitas Atma Jaya Jakarta. Kemudian memisahkan dan menjadi independen di bawah Yayasan Slamet Rijadi pada tanggal 31 Agustus 1973. Di mulai dengan meminjam ruang kelas di IKIP Sanata Dharma. Kini Universitas Sanata Dharma. pembangunan gedung kampus sendiri selesai pada tahun 1980 yang berlokasi di Jalan Demangan Baru 28. Berseberangan dengan Universitas Sanata Dharma.

Sejarah Universitas Atma Jaya

Universitas Atma Jaya Yogyakarta (UAJY) adalah lembaga pendidikan tinggi swasta. Didirikan oleh kaum awam Katolik dan di kelola oleh Yayasan Slamet Rijadi Yogyakarta, di bawah lindungan Santo Albertus Magnus. UAJ Yogyakarta berdiri pada tanggal 27 September 1965.

Baca juga : Sejarah Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa

Sejak 31 Agustus 1973 Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya Yogyakarta melepaskan diri dari Universitas Katolik Indonesia Atmajaya di Jakarta. Berdiri sendiri sebagai UAJ Yogyakarta.

Nama Atma Jaya di ambil dari bahasa Sanskerta. Atma berarti jiwa dan Jaya berarti unggul. Sehingga Atma Jaya berarti Jiwa yang Unggul. Motto: Serviens In Lumine Veritatis yang artinya melayani dalam cahaya kebenaran (serving in the light of truth). Semua program studi S-1 dan S-2 telah terakreditasi BAN-PT (Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi).

Identitas Universitas

Filosofi Lambang

Lambang lebih banyak menggunakan unsur-unsur garis lengkung yang lebih bersifat feminin sebagai ungkapan universitas sebagai almamater (ibu asuh). Secara geometris lambang yang memiliki bentuk yang simetris melambangkan kestabilan dari sebuah institusi.
Secara keseluruhan merupakan gambar dari kuncup bunga, melambangkan bahwa sebuah universitas adalah wadah aktivitas yang mengembangkan generasi muda menuju masa depannya.

Mahkota Bunga

Mahkota bunga terdiri dari unsur-unsur sebagai berikut 7 Sinar Roh Kudus yaitu sinaran :

1. anugerah budi.
2. kebijaksanaan.
3. ilmu pengetahuan.
4. firman.
5. cinta kasih.
6. kekuatan dan.
7. ketakwaan pada Tuhan.

Ketujuh sinar tersebut memancar dari tengah buku sebagai lambang bahwa misi pendidikan melekat dengan misi penyematan Allah melalui pengutusan Roh Kudus. Ketujuh sinar Roh Kudus memancar ke lingkaran yang melambangkan dunia. Pancaran sinar itu secara grafis di buat sampai ke ujung batas dunia, melambangkan kesempurnaan yang hendak di capai oleh misi pendidikan UAJY.

Tangkai Bunga

Tangkai bunga terletak di bagian bawah yang merupakan stilasi dari ujung pena yang melambangkan karya utama dari universitas yaitu mewartakan (secara tertulis). Secara grafis ujung pena ini di buat sedemikian rupa sehingga membentuk silhouette dua burung merpati yang saling berhadapan.

Kedua burung yang saling berhadapan ini melambangkan komunikasi dalam sebuah komunio sekaligus menyimbolkan kesetaraan egaliter, yang merupakan salah satu ciri dari kaum awam.